Нередко связано с близкородственным скрещиванием, ведущим к значительному обеднению генофонда. Иногда вырождение возникает на основе быстрого, катастрофического изменения условий существования, к которым вид не может за короткий срок адаптироваться. В таком случае вырождение предшествует вымиранию.